La institución del cabildo provino de España, donde los habitantes de cada ciudad elegían a sus regidores y alcaldes para que administraran y reglamentaran sus comunidades. Para el momento de la llegada de los conquistadores a América, los cabildos españoles habían perdido parte de su poder, ya que muchas de sus atribuciones habían sido asumidas por la monarquía.

El origen del cabildo indiano guarda relación con la fundación de las primeras ciudades hispánicas en el siglo XVI. Cuando se fundaba una ciudad, el fundador designaba entre los soldados que lo habían acompañado en la fundación a los regidores y alcaldes que integrarían al cabildo de la nueva población, De acuerdo con una de las leyes de Indias, el nombramiento de los regidores era una atribución privativa del adelantado que fundara la ciudad, por si mismo o por medio de un enviado suyo, por los días de su vida y de un hijo o heredero.

Las primeras leyes pretendieron someter enteramente los cabildos a la autoridad nombrada desde España europea, intentando colocar a los cabildos de ultramar en la misma situación de los ayuntamientos peninsulares, los cuales en el siglo XVI ya habían perdido gran parte de su autonomía. Los reyes terminaron por reconocer que esta situación no se podía extender a los lejanos e inmensos territorios de ultramar, de modo que admitieron que los cabildos adquiriesen una gran autarquía (no eran autónomos, pues la legislación era potestad del rey).